La génomique est une science de données qui génère d’immenses volumes de données complexes et à croissance rapide, dont la valeur croît à mesure qu’évoluent notre puissance de calcul et nos outils d’analyse.
Les données génomiques ont joué un rôle central dans la réponse du Canada — et celle du monde — à la pandémie de COVID-19, qu’il s’agisse de surveiller la propagation du SRAS-CoV-2 et les nouveaux variants préoccupants pour évaluer l’efficacité des vaccins et des traitements de la COVID-19 ou d’alimenter la recherche sur les facteurs génétiques qui influencent la gravité de la COVID-19. Étant donné l’importance de l’échange des données pour la prise de décisions en santé publique, la prévention et le traitement de la COVID-19, le RCanGéCO en a fait une priorité fondamentale.
Nous avons demandé à certains des membres du Comité sur l’échange des données du RCanGéCO de nous donner leur avis sur les progrès réalisés depuis le lancement du réseau en avril 2020. Le Comité sur l’échange des données a été créé en janvier 2021 pour résoudre le problème du nombre limité de séquences génomiques canadiennes accessibles au public.
G – D : Ma’n H. Zawati, Yann Joly, Art Poon, Natalie Knox, Gijs van Rooijen, Will Hsiao
Comment le contexte de l’échange des données du projet VirusSeq a-t-il évolué au cours des deux dernières années et quelle sera la suite?
« La rapidité et l’exhaustivité du dépôt des données de séquences virales se sont considérablement améliorées. Il reste encore à fournir un accès centralisé et efficace à plus de métadonnées sensibles des hôtes et à mettre en œuvre un processus sûr et éthique au Réseau des laboratoires de santé publique du Canada (RLSPC) et dans d’autres établissements canadiens qui autoriseront le couplage des données. »
– Yann Joly, Ph. D., directeur de la recherche du Centre de génomique et politiques à l’Université McGill et président du Comité sur l’échange des données du RCanGéCO et du Groupe de travail sur l’éthique et la gouvernance du projet VirusSeq.
APPROFONDISSEZ le sujet dans le blogue suivant du RCanGéCO – L’échange de données dans la lutte contre la COVID-19 : Questions et réponses en compagnie de Yann Joly, Ph. D.
Comment le rendement du Canada en matière d’échange des données a-t-il changé au cours des dernières années et y a-t-il quelque chose à apprendre des autres pays?
« Il y a un an, le Canada était l’un des principaux contributeurs de génomes du SRAS-CoV-2 dans le monde en termes de volume, mais pour un tiers de ces génomes, les dates d’échantillonnage étaient incomplètes, ce qui a retardé leur publication d’environ cinq mois en moyenne. Aujourd’hui, le Canada reste en tête du classement mondial pour ce qui est du nombre de génomes publiés (plus d’un quart de million) et nous rattrapons le retard pour ce qui est des autres paramètres de l’échange des données. Les dates incomplètes ne touchent maintenant qu’un génome sur sept, et le retard moyen est passé à deux mois, ce qui place le Canada en milieu de peloton. Au cours de la dernière année, nous sommes passés du 87e percentile de tous les pays au 46e. »
– Art Poon, Ph. D., professeur agrégé de l’évolution des virus et de bio-informatique à la Western University, Canada, et membre du Comité sur l’échange des données du RCanGéCO.
Comment l’échange des données entre les provinces a-t-il évolué au cours des deux dernières années et quel impact cette évolution aura-t-elle à l’avenir? Quelles pourraient être les répercussions possibles au-delà de la pandémie de COVID-19?
« Le Canada reconnaît le rôle unique des provinces dans la gestion et la prestation de solutions de soins de santé à leurs citoyens. Malheureusement, les pandémies ne reconnaissent pas les frontières, d’où la nécessité d’échanger rapidement l’information sanitaire, par exemple les séquences du SRAS-CoV-2 et de ses variants, entre les provinces et les territoires, tout en respectant la confidentialité des renseignements qui pourraient stigmatiser des groupes ou des personnes. Les politiques sur l’échange des données du RCanGéCO ont permis de créer un équilibre approprié entre ces deux éléments divergents qui servira de modèle pour tout échange de données sur la santé en cas d’autres pandémies. »
– Gijs van Rooijen, Ph. D., dirigeant scientifique en chef, Genome Alberta, et membre du Comité sur l’échange des données du RCanGéCO
Nous avons observé des améliorations importantes de la qualité des données produites et échangées par le RCanGéCO au cours des deux dernières années. Comment la qualité des données s’est-elle améliorée et comment ces améliorations ont-elles influencé l’échange des données?
« Nous avons beaucoup progressé dans la production de données de haute qualité aux fins de publication, en particulier les métadonnées. Au début du RCanGéCO, le désir d’assurer l’exactitude des données en a retardé la diffusion. La curation des données a toutefois beaucoup progressé pour ce qui est de la rationalisation du flux des données dans un système de santé fédéré complexe, tout en améliorant la qualité des données. Au lieu de nuire à la diffusion rapide des données, la qualité de ces dernières est devenue un atout des ensembles canadiens de données génomiques sur la COVID-19. »
– Will Hsiao, Ph. D., professeur agrégé, Sciences de la santé, Simon Fraser University; membre, Comité sur l’échange des données, RCanGéCO.
Comment le Laboratoire national de microbiologie (LNM) a-t-il appuyé les efforts d’échange de données au Canada et comment continuera-t-il à faire avancer le programme d’échange des données lorsque le projet VirusSeq passera au LNM?
« Le solide partenariat du LNM avec les partenaires du RCanGéCO et les laboratoires canadiens de santé publique a permis de créer des normes et des flux de travail solides pour l’échange des données sur la COVID-19 au Canada. Ces efforts ouvrent la voie à l’échange d’autres données génomiques sur les maladies infectieuses avec rapidité et collaboration. »
– Natalie Knox, Ph. D., LNM, responsable du Groupe de travail RLSPC-RCanGéCO sur l’analyse des données de la COVID-19
Comme le Portail canadien des données du projet VirusSeq a-t-il influencé l’échange des données depuis son lancement? Comment le portail pourrait-il changer la donne pour les interventions futures en cas de pandémie et d’autres problèmes de santé?
« Le Portail canadien de données du projet VirusSeq a fourni un dépôt plus ouvert que GISAID aux chercheurs qui voulaient accéder aux séquences génomiques des virus et aux métadonnées minimales qui les accompagnaient pour la recherche en santé publique. L’équipe d’experts du portail a également aidé le RLSPC pour ce qui est de son dépôt de données et pour résoudre les principales difficultés du processus. »
– Yann Joly, Ph. D., directeur de la recherche du Centre de génomique et politiques à l’Université McGill et président du Groupe de travail sur l’éthique et la gouvernance du projet VirusSeq
What advances have been made with the HostSeq Databank in terms of data sharing?
« CGEn, qui possède la banque de données du projet HostSeq, a créé un bureau d’accès aux données qui reçoit et examine les demandes d’accès à sa base de données nationale qui contient des données génomiques, de même que des données personnelles et des données sur la santé. CGEn a également constitué un comité pancanadien indépendant d’accès aux données qui rend avec efficacité les décisions définitives. Ce modèle de guichet unique a simplifié le processus d’accès et assuré l’approbation des demandes en temps opportun. »
– Ma’n H. Zawati, Ph. D., professeur adjoint, Faculté de médecine et des sciences de la santé de l’Université McGill; directeur exécutif du Centre de génomique et politiques du Département de génétique humaine; responsable, Bureau de la conformité de l’accès aux données HostSeq
APPROFONDISSEZ le sujet dans le blogue suivant du RCanGéCO – HostSeq : Permettre l’échange de données pour lutter contre la COVID-19 et résoudre des problèmes de santé futurs
Le Réseau canadien de génomique COVID-19 (RCanGéCO) a pour mission de relever le défi de la COVID-19 en produisant les données accessibles et utilisables des génomes viraux et humains pour orienter les décisions stratégiques et les décisions en santé publique, et mettre au point des traitements et des vaccins. Ce consortium pancanadien est dirigé par Génome Canada, en partenariat avec les six centres de génomique régionaux, le Laboratoire national de microbiologie et les laboratoires provinciaux de santé publique, les centres de séquençage du génome (par le truchement de CGEn), les hôpitaux, les universités et l’industrie dans l’ensemble du pays.
