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Projet de Phase 1

Il existe plus de 6 000 maladies rares (ou orphelines) causées par des mutations d’un seul gène; collectivement, elles touchent plus de 500 000 enfants canadiens. Dans plus de la moitié des cas, on ne connaît pas exactement le gène à l’origine de la maladie. Sans diagnostic, les patients ne peuvent pas avoir accès à des soins cliniques optimaux, ce qui engendre des coûts énormes en soins de santé et un lourd fardeau émotionnel à la fois pour les patients et les familles. Il faut de nouvelles stratégies pour les diagnostics cliniques, à la fois déterminer les mutations génétiques responsables des maladies non diagnostiquées et découvrir de nouvelles causes des maladies génétiques.

Dr James Dowling et Michael Brudno, Ph. D., de l’Hôpital pour enfants malades de Toronto (SickKids), croient que le séquençage de l’ARN, une technologie qui donne le code, la composition et la quantité de matériel ARN dans les cellules, est la stratégie idéale pour découvrir les nouvelles mutations génétiques à l’origine de maladies rares. L’ARN diffère dans toutes les cellules du corps (tandis que le génome reste le même). La principale difficulté, en ce qui concerne l’utilisation de la technologie de séquençage de l’ARN pour les diagnostics cliniques, réside dans l’obtention nécessaire des tissus (p. ex., le cœur, le foie, les muscles, le cerveau) qui contiennent l’ARN présentant un intérêt. C’est là une difficulté évidente, en particulier dans les contextes où il est difficile, voire impossible d’obtenir le matériel source nécessaire. Pour surmonter ce problème, le laboratoire du Dr Dowling s’appuiera sur les réussites récentes de SickKids concernant la création de modèles ex vivo de maladies et utilisera ces modèles au lieu des biopsies de tissus pour effectuer le séquençage de l’ARN et découvrir des mutations génétiques. Ce laboratoire définira les contextes de la maladie (et les types de tissu) dans laquelle la technologie de séquençage peut être utilisée et, pour valider le principe, mettra la technologie à l’essai dans des échantillons d’une cohorte de patients dont la maladie génétique pédiatrique demeure inconnue. Le Centre for Computational Medicine de M. Brudno effectuera l’analyse génématique des ensembles de données qui en résulteront et élaborera de nouveaux algorithmes pour identifier les mutations à l’origine des maladies.

Le projet déterminera la capacité d’utiliser la technologie de séquençage de l’ARN comme nouvel outil diagnostique et plateforme d’analyse pour les maladies génétiques pour lesquelles la technologie conviendra. En combinant les progrès récents en biologie cellulaire, en génomique et en bio-informatique, le laboratoire pourra développer une nouvelle méthodologie diagnostique, transformant ainsi fondamentalement le processus de diagnostic clinique.