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AnnoVis : Annotation et visualisation des assemblages de novo de génomes et de transcriptomes
Generating solutions
Status
Competition
Genome Centre(s)
GE3LS
Project Leader(s)
- Inanc Birol,
- British Columbia Cancer Agency
Fiscal Year Project Launched
Project Description
Il est possible, de nos jours, d’en savoir plus que jamais auparavant sur une espèce en décryptant son génome (ADN) et son transcriptome (ARN). Il est cependant plus difficile de traiter et d’interpréter ces données sous une forme cohérente que de les recueillir. La caractérisation des gènes d’une espèce donnée joue un rôle indispensable dans l’interprétation. Par exemple, la présence de certains gènes dans un génome donné peut renseigner sur la qualité du bois des produits forestiers locaux ou donner une idée des modèles infectieux d’un agent pathogène dans la chaîne alimentaire. L’identification et l’annotation exhaustives et exactes des gènes dépendent toutefois de l’intégralité et de l’exactitude de l’information sous-jacente.
L’utilité des données génomiques et transcriptomiques dépend de deux facteurs : la conception de l’expérimentation et les méthodes d’analyse utilisées. La conception de l’expérimentation est bien définie; Inanc Birol, Ph. D., du BC Cancer Agency se concentre sur les méthodes d’analyse, un aspect encore difficile. Son équipe et lui veulent créer des méthodes qui amélioreront la qualité des génomes et des transcriptomes assemblés en détectant les séquences mal assemblées. Ils mettront également au point des outils et des ressources qui faciliteront l’annotation des gènes et en prédiront la fonction. Ils créeront de plus des outils de visualisation pour évaluer la qualité des assemblages et leurs annotations connexes.
Les outils seront mis à la disposition des chercheurs par le truchement du portail de logiciels de M. Birol et ils aideront à mieux comprendre le monde qui nous entoure à l’échelle génomique et transcriptomique.